辦理第二類醫療器械經營備案憑證的依據是《醫療器械監督管理條例》以及相關的實施細則和規定。這些法律法規明確了第二類醫療器械經營的備案程序、所需材料、以及相關部門的職責等。

      具體來說，《醫療器械監督管理條例》第三十條規定，從事第二類醫療器械經營的，由經營企業向所在地設區的市級人民政府食品藥品監督管理部門備案，并提交符合本條例第二十九條規定條件的證明資料。這意味著，企業在辦理第二類醫療器械經營備案時，需要向所在地設區的市級食品藥品監督管理部門提交相關材料，這些材料需要證明企業符合醫療器械經營的相關條件。

      此外，根據《醫療器械經營監督管理辦法》等相關規章，經營第二類醫療器械的企業需要具備獨立的法人資格或其他組織形式的合法資格，有專門的醫療器械經營場所和設施，并滿足相關標準要求。同時，企業需提交的備案材料應完整、清晰，包括《第二類醫療器械經營備案表》、營業執照復印件、法定代表人、企業負責人、質量管理人員的身份證、學歷或職稱證明原件、復印件等。

      ，辦理第二類醫療器械經營備案憑證的依據是國家的法律法規，企業在辦理過程中需要嚴格遵循相關法規的要求，準備并提交規定的材料，完成備案程序。