從事第三類醫療器械經營的企業，需要辦理醫療器械經營許可證，其企業營業執照一般需要有“第三類醫療器械經營”等經營范圍。
例如：與第一、二類醫療器械不同，第三類醫療器械具有較高風險，需采取特別措施嚴格控制管理以保證其安全、有效，其主要用于植入人體，或用于支持、維持生命，如：隱形眼鏡、注射器、心臟支架等，其經營活動需要辦理醫療器械經營許可證。
醫療器械經營許可證有效期：
醫療器械經營許可證有效期一般為5年，到期前6個月內辦理續期。
從事第三類醫療器械經營的，經營企業應當向所在地設區的市級食品藥品監督管理部門提出申請，并提交以下資料：
營業執照復印件；
法定代表人、企業負責人、質量負責人的身份證明、學歷或者職稱證明復印件；
組織機構與部門設置說明；
經營范圍、經營方式說明；
經營場所、庫房地址的地理位置圖、平面圖、房屋產權證明文件或者租賃協議(附房屋產權證明文件)復印件；
經營設施、設備目錄；
經營質量管理制度、工作程序等文件目錄；
計算機信息管理系統基本情況介紹和功能說明；
經辦人授權證明；
其他證明材料。
辦理醫療器械許可證流程現場遞交材料
窗口工作人員收件，符合要求的確認受理，不符合要求的不予受理
材料審核，材料不齊全的要求申辦人補齊補正
現場驗收:需現場驗收的轉現場驗收，無需現場驗收的審核通過后轉審批
審批，符合條件的予以許可，不符合條件的不予許可
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